Em 22 de fevereiro de 1999, em sessão extraordinária, o Des. José Augusto de Souza assinou o Termo de Posse no cargo de Presidente da corte do Tribunal Regional Eleitoral de Mato Grosso do Sul.

O TRE/MS preparou-se, desde o início do biênio, juntamente com os cartórios eleitorais, para a informatização das eleições em todos os municípios brasileiros para as eleições de 2000. Em outubro de 1999, foram realizados vários encontros com juízes eleitorais, chefes de cartório e escrivães eleitorais das 52 Zonas Eleitorais do estado para difundir o processo de informatização, envidando esforços no treinamento direto dos eleitores, além de campanhas em rádio, televisão e jornais. Neste mesmo mês, aconteceu a inauguração do prédio que abriga os cartórios eleitorais das 18ª e 43ª Zonas Eleitorais, em Dourados.

No ano de 1999, foram tomadas providências quanto à inserção do cidadão portador de necessidades especiais. Do total das urnas eletrônicas do estado, 5%  tinham dispositivo de sonorização, o que facilitava o voto do deficiente visual, que poderia identificar o seu voto através de uma voz sintetizada. No dia 10 de setembro, realizou-se um reunião com todas as entidades representativas de deficientes auditivos, visuais e físicos do estado e órgãos do poder público municipal e estadual envolvidos com este segmento da sociedade. As entidades apresentaram sugestões e reivindicações para melhorar a acessibilidade ao processo eleitoral. Este comprometimento resultou no recadastramento dos eleitores deficientes de todo Estado, através de preenchimento de FASEs (Formulários de Atualização de Situação do Eleitor), alistamentos e transferências.

Dessa forma, idealizou-se um sistema que permitia agrupar os eleitores deficientes visuais do estado, através de criação de anexos vinculados às seções eleitorais onde o eleitor já estava inscrito. Assim, nas eleições de 2000, foram instaladas, em 4 seções do estado, urnas eletrônicas sonoras: 2 (duas) em Campo Grande, (1) uma em Glória de Dourados e  (1) uma em Nova Andradina. As eleições municipais de 2000 aconteceram no dia 1º de outubro.

Também em 2000, aconteceu o primeiro concurso Servidor Padrão, sendo contempladas as servidoras Helena Yano Fedorowicz, como Servidor Padrão, e Vera Lúcia Gorri, chefe de cartório da 6ª Zona Eleitoral, como Servidor Modelo.

Nesse biênio atingiu-se a marca de 1.331.259 eleitores.

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